Утром 16 сентября сразу на нескольких участках на границе Кыргызстана и Таджикистана началась стрельба. По данным Погранслужбы ГКНБ, таджикская сторона атаковала пограничные и гражданские объекты по всему периметру кыргызско-таджикской госграницы в Баткенском районе одноименной области.
Около 6.00 начали обстрел пограничных нарядов и позиций кыргызской стороны в местностях Эки-Таш, Чыр-Добо, Кум-Мазар и Орто-Боз из стрелкового и группового оружия. В 6.30 таджикская сторона начала минометный обстрел на участке ответственности пограничной заставы «Кок-Таш» Баткенского пограничного отряда. В 7.15 таджикские военнослужащие начали обстрел пограничной заставы «Самаркандек».
По состоянию на 9.30 16 сентября обстановка на кыргызско-таджикском участке государственной границы остается напряженной. Стрельба продолжается по всему периметру кыргызско-таджикской границы в Баткенской области.