Вечером 28 апреля на кыргызско-таджикской границе вновь вспыхнул конфликт. Стычка началась у пункта распределения воды «Головной». Местные жители стали закидывать друг друга камнями. Инцидент перерос в более серьезный конфликт с применением оружия.
На следующий день, 29 апреля, Кыргызстан и Таджикистан договорились прекратить огонь и отвести военные силы на места прежней дислокации. Но сопредельная сторона продолжала стягивать военнослужащих и тяжелую военную технику к линии границы с Кыргызстаном, а также периодически обстреливать проезжающие транспортные средства.
Ситуация оставалась напряженной. К вечеру 1 мая главы ГКНБ двух конфликтующих стран во второй раз договорились о полном прекращении огня и отводе сил от границы.
Число пострадавших, по последним данным, составляет 178 человека, 34 погибли, среди них ребенок. В результате конфликта эвакуированы более 33 тысяч кыргызстанцев.
Военные Таджикистана обстреляли жилые дома в селах Баткенского и Лейлекского районов.