В Государственной таможенной службе отсутствует порядок движения бланков строгой отчетности. К такому выводу пришли инспекторы Счетной палаты, проводившие аудит в ГТС.
Отмечается, что инвентаризация сейф-пакетов на момент аудита не была проведена из-за отсутствия отчетов. Отсутствуют акты прибытия транспортных средств, журналы учета выдачи, получения и возврата сейф-пакетов. Их движение и пломбировочных устройств не интегрировано в Единую автоматизированную информационную систему.
Кроме того, центром обеспечения ГТС заключен договор с ОсОО «ППА» на строительство пункта пропуска «Ак-Тилек» в Ысык-Атинском районе. Общая сумма работ составила 47 миллионов 103,7 тысячи сомов. На конец 2013 года дебиторская задолженность перед заказчиком составила 7 миллионов 886,8 тысячи. По этому объекту установлено завышение стоимости работ на 420 тысяч сомов по статьям «Эксплуатация машин и механизмов» и «Транспортные расходы».
Аналогичные нарушения выявлены и в договоре с ОАО «Востокэлектро», строившим линию электропередачи для электроснабжения пункта пропуска «Каркыра». На строительство выделено 3 миллиона 684,3 тысячи сомов. По результатам контрольного обмера по указанному объекту установлено завышение на 18,3 тысячи по статье «Эксплуатация машин и механизмов».