По состоянию на 14.00 количество пострадавших, поступивших в организации здравоохранения, составляет 121 человек, из них 7 отправлены на амбулаторное лечение. Такие данные приводит Министерство здравоохранения.
В Баткенской областной объединенной больнице находится 41 пострадавший, в центрах общеврачебной практики Лейлека — 35, Кулунду — 3, Сулюкты — 6. В Национальном госпитале — 21 пострадавший, Национальном хирургическом центре — 1, Национальном центре охраны материнства и детства — 6 и в Ошской областной объединенной больнице — 1.
В Баткенской области введен режим ЧС. Утром 16 сентября сразу на нескольких участках на границе Кыргызстана и Таджикистана началась стрельба. Под обстрел попали населенные пункты в Лейлекском и Баткенском районах. Минздрав сообщил, погибли 24 человека. В результате вооруженного конфликта на кыргызско-таджикской границе свои дома покинули жители семи сел Баткенского и Лейлекского районов, а также села Джекенди Чон-Алайского района Ошской области.