Стальбек Ахунбаев назначен советником президента Кыргызстана на общественных началах. Соответствующее распоряжение подписал Садыр Жапаров.
Он является ректором Международной высшей школы медицины. Известно, что Стальбек Ахунбаев — представитель известной медицинской династии Ахунбаевых. По специальности он хирург-онколог, доктор медицинских наук. Окончил столичную школу № 24 с золотой медалью, затем Кыргызский государственный медицинский институт с красным дипломом.
В 2020 году указом президента страны ему вручили государственную премию в области науки и техники.