В Кыргызстане озеро Кара-Суу исключили из списка озер рыбохозяйственного назначения. Депутаты Жогорку Кенеша приняли законопроект в третьем чтении.
В 2009 году постановлением правительства озеро внесли в перечень естественных водоемов, предоставляемых для рыбохозяйственного освоения и использования в целях рыбоводства, рыболовства и рыборазведения.
В целях сохранения уникальных природных комплексов и биологического разнообразия, охраны редких и находящихся под угрозой исчезновения видов животного и растительного мира, расширения сети особо охраняемых природных территорий Кыргызстана образован Государственный природный парк Алатай в Токтогульском районе Джалал-Абадской области площадью 56 тысяч 826,4 гектара, в состав которого и вошло озеро Кара-Суу.
Озеро расположено на высоте 2014 метров и имеет недостаточное развитие зоопланктона — основной кормовой базы для рыб, что подтверждается ихтиологическим исследованием. Однако Кара-Суу передали ОсОО «Табият КГ» для осуществления рыбохозяйственной деятельности.
