Глава Иссык-Кульской области живет на одну зарплату. Данные о доходах Эмиля Каптагаева представлены в его декларации, опубликованной на сайте ГКС КР.
За 2014 год он заработал 567 тысяч 688 сомов. У него в собственности дом и три земельных участка, один из которых - площадью 2500 квадратных метров. Родственники чиновника живут на пенсию, годовой размер которой 35 тысяч сомов.