Мектептерде 12 жылдык билим берүүгө өтүүнүн алкагында окуучулардын билимин баалоо систамасы өзгөрөт. Бул тууралуу Кыргыз билим берүү академиясынын концепциясынын долбоорунда айтылат.
Ага ылайык, 10 баллдык система окуучулардын билимин объективдүү жана дифференцияланган баалоого мүмкүндүк берет.
Беш баллдык баалоо системасы советтик мектептерде өткөн кылымдын 30-жылдарында киргизилген. Бул баалоо шкаласында мугалим формалдуу түрдө окуучуга 1ден 5ке чейин баа коюуга мүмкүнчүлүгү бар. Бирок иш жүзүндө бул система үч баллдык система болуп саналат, анткени бир жана эки жыйынтыктоочу баага берилбейт.
Жаңы система так качан ишке кирери белгисиз, бирок 12 жылдык билим берүүгө өтүүдө киргизилет.