Из-за запрета на ввоз подакцизных товаров многие предприятия СЭЗ терпят убытки и останавливают производство. Об этом говорится в исследовании Бишкекского делового клуба «Состояние и перспективы развития СЭЗ КР».
Отмечается, что самой распространенной проблемой является решение вопроса о ввозе подакцизных товаров на территорию СЭЗ. Законом о свободных экономических зонах, принятом 11 декабря 2013 года, запрещается ввозить, хранить и вывозить подакцизные товары. Многие предприятия из-за этого вынуждены остановить производство и терпеть убытки. Кроме того, территорию СЭЗ считают таможенной территорией Кыргызстана. Отсутствие норм об обособленности приводит к усилению контролирующих полномочий таможенных органов. В то же время иностранные инвесторы не могут получить разрешение на работу в СЭЗ.
Управление в СЭЗ, в частности в региональных, не имеет высокой эффективности. Правовыми документами не закреплены механизмы работы генеральных дирекций по привлечению инвестиций и продвижению субъектов СЭЗ на мировые рынки. Закон принят в то время, когда гражданско-правовое, налоговое и таможенное законодательство находилось в стадии формирования.