Несмотря на миллионные долги здравниц Кыргызкурорттуризма, Федерация профсоюзов продолжает тратить деньги на содержание аппарата управления и управления Кыргызкурорттуризма. Такие выводы содержатся в отчете Счетной палаты по итогам аудита эффективности использования бюджетных средств, выделенных на оздоровление трудящихся и членов их семей в 2011-2013 годах.
Отмечается, что на 1 января 2012 года кредиторская задолженность здравниц, домов отдыха и пансионатов управления Кыргызкурорттуризма составляла 20 миллионов 915,9 тысячи сомов. На 1 января 2013-го - 14 миллионов 187,3 тысячи, а на 1 октября 2013-го - 22 миллиона 379,3 тысячи сомов.